Como abrir clínica: passo a passo, licenças e regime tributário

Abrir clínica, seja um consultório individual ou uma estrutura com vários profissionais, segue uma ordem que evita retrabalho: primeiro a definição dos serviços, do CNAE e do regime tributário, depois a consulta de viabilidade do endereço, o CNPJ, as licenças do Corpo de Bombeiros e da vigilância sanitária, o registro no conselho de classe com responsável técnico e, por último, o cadastro no CNES. Quem inverte essa ordem costuma descobrir tarde que o imóvel alugado não serve para a atividade, ou que o CNAE escolhido levou a clínica para o anexo mais caro do Simples Nacional, em que a alíquota inicial sobe de 6% para 15,5%.

Na rotina das clínicas e consultórios de Palhoça e região, a Método vê com frequência o imóvel ser escolhido antes de os procedimentos estarem mapeados. É essa ordem invertida que mais atrasa a licença sanitária e o primeiro atendimento.

O que precisa para abrir uma clínica: o passo a passo na ordem certa

Para abrir uma clínica, a empresa precisa de CNPJ com o CNAE que cobre todos os serviços prestados, licenças do Corpo de Bombeiros, da vigilância sanitária e da prefeitura, registro no conselho de classe com responsável técnico e cadastro no CNES. A sequência abaixo é a que evita refazer etapas:

1. Mapear os serviços e definir o CNAE. Consulta, exame, procedimento e cirurgia ambulatorial têm códigos diferentes.
2. Escolher a natureza jurídica e simular o regime tributário. A decisão entre Simples Nacional e Lucro Presumido depende do faturamento previsto, da folha e dos serviços.
3. Fazer a consulta de viabilidade do endereço antes de assinar o aluguel. A prefeitura confirma se a atividade é permitida naquele imóvel.
4. Registrar o contrato social e obter o CNPJ e a inscrição municipal.
5. Tirar o alvará do Corpo de Bombeiros, a licença sanitária e o alvará de funcionamento.
6. Registrar a empresa e o responsável técnico no conselho de classe.
7. Cadastrar a clínica no CNES.

Antes do primeiro passo vem a conta do investimento, do capital de giro e do ponto de equilíbrio, que é o papel do plano de negócios. Sem esse número, a escolha do imóvel e da equipe vira aposta.

Como escolher o CNAE da clínica

O CNAE da clínica precisa cobrir todos os serviços que ela realiza, e não apenas a atividade principal. É ele que a vigilância sanitária usa para classificar o risco do estabelecimento e que a Receita usa para definir o anexo do Simples e a base de cálculo no Lucro Presumido.

Na medicina, a própria classificação do IBGE separa a atividade ambulatorial restrita a consultas (8630-5/03), a que tem recursos para exames complementares (8630-5/02) e a que tem recursos para procedimentos cirúrgicos (8630-5/01). Escolher o código de consultas para uma clínica que faz procedimentos trava a licença sanitária e afasta a clínica da equiparação hospitalar.

Clínicas multiprofissionais registram um CNAE principal e os demais como secundários. Procedimentos estéticos seguem a mesma lógica: os de natureza médica, como toxina botulínica e preenchimento, exigem CNAE da área da saúde e responsável técnico médico, enquanto o código de serviços de beleza (9602-5/02) não cobre esse tipo de procedimento.

Para a Pamela Salles, contadora (CRC/SC-042560/O-7) e sócia da Método Contabilidade responsável pela área tributária, o CNAE deve sair da lista de procedimentos que a clínica vai oferecer nos primeiros anos, e não do que ela faz no primeiro mês. Incluir um serviço depois exige alteração contratual, nova análise da vigilância e, às vezes, mudança de regime.

Regime tributário e Fator R: a decisão mais cara da abertura

No Simples Nacional, a maior parte das clínicas é tributada pelo Anexo III, com alíquota inicial de 6%, ou pelo Anexo V, que começa em 15,5%. Quem decide entre os dois é o Fator R, previsto na Lei Complementar 123/2006: se a folha dos últimos 12 meses, incluindo o pró-labore dos sócios, chega a 28% da receita bruta do mesmo período, a clínica fica no Anexo III.

Por isso o pró-labore e a contratação da equipe entram no planejamento antes da abertura, e não depois. Na clínica optante pelo Simples, registrar um funcionário pode ser o que mantém o Fator R acima de 28%.

O Lucro Presumido é a alternativa quando o faturamento cresce ou quando a clínica realiza procedimentos. Nesse regime, a base geral do IRPJ e da CSLL é de 32% da receita de serviços, mas os serviços de natureza hospitalar podem usar 8% e 12% pela equiparação hospitalar. Um dos requisitos é a clínica estar organizada como sociedade empresária, o que faz a natureza jurídica escolhida na abertura pesar anos depois.

Para o profissional que ainda atende como pessoa física e está decidindo se vale abrir a empresa, a comparação entre os dois caminhos está no post sobre médico pessoa física ou jurídica, que vale para as demais profissões da saúde.

Licenças para abrir clínica: viabilidade, bombeiros e vigilância sanitária

As licenças dependem do imóvel, por isso a consulta de viabilidade vem antes do contrato de locação. Nela, a prefeitura confirma se o zoneamento permite a atividade naquele endereço. Em Santa Catarina, a consulta é feita pelo sistema integrador da Redesim, junto com o registro na Junta Comercial.

Com o CNPJ aberto, a clínica precisa de três autorizações para funcionar:

• Corpo de Bombeiros: atesta a segurança do imóvel contra incêndio e é pré-requisito do alvará municipal. O processo em Santa Catarina está detalhado no post sobre o alvará do Corpo de Bombeiros.
• Vigilância sanitária: avalia a estrutura física, os fluxos de atendimento, a esterilização quando houver e o plano de gerenciamento de resíduos de serviços de saúde, exigido pela RDC 222/2018 da Anvisa. É a etapa que mais depende de o espaço já estar adaptado.
• Alvará de funcionamento: emitido pela prefeitura depois das licenças anteriores.

As exigências sanitárias crescem com a complexidade. Um consultório de psicologia restrito a atendimentos tem análise mais simples que uma clínica com sala de procedimentos, autoclave e descarte de material perfurocortante.

Registro no conselho de classe e responsável técnico

A clínica precisa estar registrada no conselho da atividade que exerce, com um profissional habilitado anotado como responsável técnico. A obrigação vem do artigo 1º da Lei 6.839/1980, que torna obrigatório o registro de empresas nas entidades que fiscalizam as profissões, em razão da atividade básica que exercem.

Na prática, a pessoa jurídica passa a ter inscrição própria no CRM, no CRO, no CRP, no Crefito ou no conselho correspondente, com anuidade separada da anuidade do profissional. Clínicas multiprofissionais costumam precisar de registro em mais de um conselho, conforme os serviços listados no contrato social.

CNES: o último cadastro antes de atender

O CNES, Cadastro Nacional de Estabelecimentos de Saúde, é o registro do Ministério da Saúde que identifica o estabelecimento, sua estrutura e os profissionais que atendem nele. É obrigatório para todos os estabelecimentos de saúde, com ou sem atendimento pelo SUS, e as operadoras de planos costumam exigi-lo antes de credenciar a clínica.

O cadastro é feito na secretaria municipal de saúde e depende das licenças em dia. As regras e o passo a passo estão no post sobre o CNES para profissionais da saúde.

O que muda para abrir consultório médico, odontológico ou de outras especialidades

O caminho é o mesmo para todas as profissões da saúde, mas três pontos mudam conforme a especialidade: o CNAE, o conselho e o peso do regime tributário.

Consultório médico. O CNAE varia conforme a clínica faça só consultas, exames ou procedimentos, e essa escolha define se a equiparação hospitalar é possível no Lucro Presumido. Médicos que atendem em vários lugares costumam combinar a empresa com rendimentos como pessoa física.

Consultório odontológico. Usa o CNAE 8630-5/04 e registro no CRO. A estrutura de esterilização e de radiologia, quando houver, pesa na licença sanitária. A equiparação hospitalar para dentistas ficou mais difícil depois que o STJ afetou o Tema 1427, em março de 2026.

Psicologia, fisioterapia, nutrição e fonoaudiologia. Ficam na classe 8650-0 do CNAE e costumam ter estrutura física mais simples. Nesses casos, o ponto de atenção é o Fator R, porque a receita costuma vir do trabalho dos próprios sócios e o pró-labore precisa ser planejado para manter a clínica no Anexo III.